Blagoje Paunović je redovni profesor Ekonomskog fakulteta Univerziteta u Beogradu i predsednik Fiskalnog saveta. Na Ekonomskom fakultetu, na sva tri nivoa studija (osnovnim, master i doktorskim), predaje ekonomiku preduzeća, preduzetništvo i upravljanje malim preduzećima, upravljanje investicijama, evaluaciju investicionih projekata i investicionu politiku, poslovnu analizu, upravljanje rizikom, ekonomiju strategije i strategijsko preduzetništvo. Osim toga održao je niz predavanja na domaćim i inostranim visokoškolskim ustanovama, savetovanjima, seminarima i sl. Na usavršavanju boravio je na univerzitetu u Albony-ju, SAD i LSE, Velika Britanija.
Autor je ili koautor 12 knjiga (naučnih monografija i udžbenika) i preko 80 članaka i referata objavljenih u domaćim i međunarodnim časopisima i drugim publikacijama.
Teorijsko i praktično interesovanje profesora Paunovića pokriva važne oblasti ekonomije i poslovne ekonomije. Od makroekonomskih oblasti to su: finansije, posebno: finansijske institucije, finansijski rizici, primena međunarodnih standarda u oblasti finansija i računovodstva (Basel, Solvensy II, IFRS); konkurentnost privrede; (održivi) privredni razvoj, posebno: strategije razvoja nacionalne privrede, strategije regionalnog i lokalnog ekonomskog razvoja; investicije, metodologija Cost-Benefit analize; osiguranje; inovacije i inovaciona politika; politike podsticanja preduzetništva; investiciona politika; ekonomika tranzicije i sl. U oblasti poslovne ekonomije to su: menadžment, i posebno menadžment malih i srednjih preduzeća, finansijski menadžment, strategijski menadžment; efikasnost, efektivnost i konkurentnost preduzeća; restrukturiranje preduzeća; makro i mikro organizaciono strukturiranje preduzeća i razvoj sistema kompenzacije; upravljanje rizikom; primena međunarodnih standarda finansijskog izveštavanja; izrada poslovnih planova, studija i izvodljivosti itd.
Član je predsedništva Saveza ekonomista Srbije, član Naučnog društva ekonomista, član redakcije časopisa Ekonomika preduzeća, a bio je i član redakcije časopisa Ekonomski anali. Bio je Šef Katedre za poslovnu ekonomiju i menadžment (2018 - 2021. i 2012 - 2015.), direktor Naučno-istraživačkog centra Ekonomskog fakulteta (NICEF) (2004 - 2009.). Bio je i pomoćnik ministra za privredu i privatizaciju u Vladi Republike Srbije, zadužen za razvoj preduzetništva i MSP (2002 - 2004.) i član Komisije za stručno obrazovanje Ministarstva prosvete i sporta vlade Republike Srbije (2001 - 2004.), kao i član Vladine Komisije za deregulaciju privrednog sistema. Kao pomoćnik ministra za razvoj preduzetništva i MSP koordinirao je rad na pripremi prve Strategije razvoja preduzetništva i malih i srednjih preduzeća u Republici Srbiji, kao i aktivnostima na osnivanju i razvoju mreže regionalnih centara za razvoj preduzetništva, a bio je i prvi nacionalni koordinator za primenu Evropske povelje o MSP (The European Charter for Small Enterprises). Vodio je radnu grupu za pripremu Zakona o garancijskom fondu Republike Srbije, bio predsednik upravnog odbora Fonda i učestvovao osnivanju ove institucije i pripremi pravila i procedura za odobravanje garancija.
Bio je predsednik upravnog ili nadzornog odbora Instituta ekonomskih nauka u Beogradu, Garancijskog fonda Republike Srbije, Tipoplastike a. d., KBC Bežanijska kosa itd. Bio je član upravnog ili nadzornog odbora: Privredne banke, Vojvođanske banke, Nov-kabela a. d. itd.
Učestvovao je u realizaciji velikog broja projekata, kao što su kreiranje strateških dokumenata i mera ekonomske politike na nacionalnom, regionalnom i lokalnom nivou, izrada studija izvodljivosti, evaluacija mera ekonomske politike i sl. za potrebe Vlade Republike Srbije, Vlade AP Vojvodine, lokalnih samouprava i sl., finansiranih od strane međunarodnih organizacija, kao što su World Bank, UNDP PRO, European Commission - Directorate General for Economic and Financial Affairs, European Training Foundation, GIZ, Austrian Development Agency itd. Kao konsultant sarađivao je sa preko 80 javnih i privatnih preduzeća, rukovodeći ili učestvujući u izradi preko 180 projekata, iz različitih oblasti poslovne ekonomije i menadžmenta.